El palacio fue construido entre los siglos XIV y XV como residencia de los Contarini “di San Paternian”, quienes a finales del siglo XV, debido a la adición de la escalera de caracol, fueron apodados “dal Bovolo”. En 1499, Pietro Contarini (quizás Pietro di Giovanni, suegro de Pietro Maria Del Bovolo que en 1502 se casó con Contarina Contarini), Marco Contarini y Giovanni Battista Contarini, senadores de la Serenísima República de Venecia, hicieron añadir hacia el patio interior un pequeño cuerpo de fábrica en estilo renacentista, caracterizado por una serie de logias abiertas con arcos de medio punto o rebajados.
Nel 1717 il complesso passò a Giovanni Minelli che aveva sposato Elisabetta di Pietro Maria Contarini, ultima rappresentante della famiglia. All’inizio dell’Ottocento fu acquistato dalla ditta Emery, dalla quale fu affittato ad Arnoldo Marseille che vi aprì nel 1803 un albergo detto “del Maltese” (da qui la denominazione della corte del Maltese sulla quale si affaccia il palazzo). Nel 1852 fu ceduto per testamento alla parrocchia di San Luca e divenne sede della Congregazione di carità.
En 1859, el entonces litógrafo Wilhelm Tempel realizó sus primeras observaciones astronómicas desde el mirador de la torre, con un telescopio de su propiedad. Aquí descubrió, el 2 de abril de 1859, el cometa C/1859 G1, y el 19 de octubre de 1859 la Nebulosa de Mérope en el cúmulo abierto de las Pléyades. El palacio aún pertenece al IRE de Venecia, acrónimo de Instituciones de Asilo y de Educación.